El Sistema de Bibliotecas tiene muchas bases de datos:

• Catálogo en Línea. El catálogo del SB permite identificar y localizar los libros, revistas y recursos audiovisuales que contienen las diferentes bibliotecas que componen el SB. También incluye los recursos impresos que poseen las bibliotecas de la UPR. La mayoría de los recursos informativos descritos en el Catálogo en Línea son impresos, por lo que hay que solicitarlos en las bibliotecas, aunque también ya se están incorporando algunos registros de publicaciones electrónicas.
• Bases de datos suscritas. En la lista de bases de datos suscritas se incluyen todos los recursos informativos electrónicos suscritos por el SB. Tratándose de información suscrita, solamente los estudiantes y empleados activos del SB pueden acceder a ellas de forma remota. Los usuarios particulares pueden usarlas en las bibliotecas de la UPRRP. Se pueden seleccionar las bases de datos mediante la lista alfabética y la lista temática. En la lista alfabética se incluye una leyenda que ofrece datos acerca del contenido de cada base de datos. La colección es muy extensa y abarca todas las disciplinas. Incluye artículos de revistas y periódicos, tesis, libros, diccionarios, etc. Hay bases de datos especializadas y otras multidisciplinarias. Cada base de datos es independiente y tiene su propio sistema de búsqueda.
• Descubridor de revistas. Esta herramienta permite determinar en qué base de datos suscrita se puede encontrar el texto completo de alguna revista. En este Descubridor se puede buscar por el título de la revista o por un tema general. Los resultados de las búsquedas indican en cuáles de las bases de datos aparecen artículos de la revista solicitada. Este Descubridor contiene las revistas incluidas en la mayoría de las bases de datos, pero se recomienda ir directamente a cada una de ellas si los resultados indican que no aparece la revista.
• Descubridor de bases de datos Esta herramienta permite recuperar información de la mayoría de las bases de datos suscritas y del Catálogo en Línea, mediante una sola búsqueda.  Actualmente, se pueden recuperar directamente los textos completos de artículos de revistas, periódicos, documentos del Congreso de los EU, ebooks, imágenes digitales, partituras y documentos de repositorios de investigación incluidos en diferentes bases de datos suscritas por el SB.